Здраствуйте. проблема не в железе, а в драйверах, точнее в их отсутствии в инсталяшках систем, раз система видит 2 HDD вместо 1 RAID.
Смотрите тут Совместимость материнских плат Super Micro на чипсете Intel C606 с операционными системами
Совместимость X9DBU-3F с Vmware ESX 5.0 U1 и то только в SATA (без RAID, AHCI mode)